Gastroskopia nie jest badaniem wykonywanym rutynowo u każdego pacjenta. Lekarz kieruje na nią wtedy, gdy istnieją konkretne wskazania. Najczęściej są to:
przewlekłe dolegliwości trawienne – biegunka, nawracająca zgaga, pieczenie za mostkiem, ból w nadbrzuszu, częste odbijanie czy uczucie pełności po posiłku,
trudności w połykaniu (dysfagia) – badanie pozwala ustalić, czy problem wynika z choroby przełyku czy innych przyczyn,
krwawienia z górnego odcinka przewodu pokarmowego – np. wymioty z domieszką krwi, smoliste stolce,
podejrzenie choroby wrzodowej żołądka lub dwunastnicy,
jadłowstręt i nagła utrata masy ciała,
monitorowanie zmian już wcześniej rozpoznanych, np. polipów, nadżerek czy refluksu żołądkowo-przełykowego,
profilaktyka u osób z podwyższonym ryzykiem nowotworów przewodu pokarmowego, zwła













