Postuluje się, iż indukowana ryfaksyminą-α aktywacja PXR w komórkach nabłonka jelitowego blokuje kaskadę zapalną zależną od aktywacji NF-κB i hamuje produkcję cytokin prozapalnych (TNF-α i Il-6), co prowadzi do zmniejszenia patologicznej przesiąkliwości ściany jelita oraz przywrócenia szczelności bariery jelitowej.
Tradycyjnie w praktyce klinicznej antybiotyki są stosowane w celu zwalczania miejscowych i ogólnoustrojowych zakażeń bakteryjnych. Podczas terapii wywierają również znaczący wpływ na mikrobiotę jelitową. Są one w stanie spowodować głęboką zmianę składu mikrobioty jelitowej, redukując taksony autochtoniczne jednocześnie sprzyjając wzrostowi bakterii potencjalnie patogennych, takich jak Enterobacteriaceae.
Ilość Bifidobacteria, Faecalibacterium prausnitzii i Lactobacilli, które zwykle wywierają korzystny wpływ na jelito, ulega redukcji po kuracji antybiotykowej (antybiotykami systemowymi ogólnoustrojowymi). Chociaż po zakończeniu antybiotykoterapii obserwuje się tendencję do przywracania pierwotnego stanu, to nowy stan stacjonarny różni się od poprzedniego, w związku z wywołanymi antybiotykoterapią nieodwracalnymi zaburzeniami w środowisku drobnoustrojów jelitowych.
Ryfaksymina-α pozytywnie moduluje skład drobnoustrojów jelitowych. Modele zwierzęce, badania kultur i analizy metagenomiczne wykazały wzrost obfitości Bifidobacterium, Faecalibacterium prausnitzii i Lactobacillus po leczeniu ryfaksyminą alfa, prawdopodobnie wynikający z indukcji oporności tych bakterii, bez większych zmian w ogólnym składzie mikrobioty jelitowej.
Rifaksymina-α jest zatem modulatorem symbiotycznej relacji między gospodarzem a mikrobiotą jelitową. Cechą szczególną ryfaksyminy-α jest jej eubiotyczny wpływ w ekosystemie jelitowym. Ta dodatkowa adekwatność może stanowić korzyść terapeutyczną w określonych warunkach klinicznych.
Ryfaksyminę można więc zdefiniować nie tyle jako antybiotyk, ale przede wszystkim, jako „eubiotyk”, czyli pozytywny modulator ekosystemu jelitowego.