Takashi Nagai urodził się w 1908 roku w Matsue na wyspie Honsiu w rodzinie kultywującej tradycyjne japońskie wierzenia shinto. Jego ojciec Noboru był lekarzem, a matka Tsune pochodziła ze starej rodziny samurajów. Takashi był jej pierwszym dzieckiem, jego narodziny były do tego stopnia skomplikowane medycznie, iż lekarze chcieli ratować matkę, zabijając syna. Tsune nie zgodziła się i Takashi szczęśliwie przyszedł na świat.