Spór o to, czy apteka ogólnodostępna ma prawo do preferencyjnej stawki podatku od nieruchomości, po raz kolejny znalazł swój finał w Naczelnym Sądzie Administracyjnym. 22 lipca 2026 r. NSA wydał wyroki w sprawach o sygn. III FSK 975/25 i III FSK 976/25, oddalając skargi kasacyjne spółki prowadzącej apteki. Dolnośląska Izba Aptekarska, która zapewniała pomoc prawną farmaceutce, opublikowała komunikat podsumowujący rozstrzygnięcie i zapowiedziała walkę o nowelizację przepisów.
Przedmiotem sporu była interpretacja art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych. Przepis ten przewiduje preferencyjną stawkę podatku dla budynków „związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych w rozumieniu przepisów o działalności leczniczej, zajętych przez podmioty udzielające tych świadczeń”. Różnica w kosztach jest znacząca – stawka dla działalności gospodarczej jest kilkukrotnie wyższa niż stawka dla placówek medycznych.
W sprawie dotyczącej spółek, których współwłaścicielką jest członkini Dolnośląskiej Izby Aptekarskiej, prawnik Izby – mec. Piotr Sędłak – zredagował oraz wniósł skargi kasacyjne i reprezentował spółki przed NSA. Izba działała na podstawie art. 22 pkt 3 ustawy o izbach aptekarskich.
– Istota sporu osadza się na odpowiedzi na pytanie: czy właściciel apteki może być traktowany jako podmiot, który udziela świadczeń zdrowotnych, a tym samym jako podmiot uprawniony do preferencyjnej stawki podatku od nieruchomości w rozumieniu art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz. U. 2025, poz. 707)? – podaje DIA w swoim komunikacie.
Dwoista natura apteki i wymóg wpisu do rejestru
Referując ustne motywy wyroku z 22 lipca 2026 r., NSA zwrócił uwagę na specyfikę funkcjonowania aptek ogólnodostępnych, łączących cele rynkowe z misją publiczną. W ocenie Sądu: „apteka jest podmiotem o podwójnych charakterze, w którym mieszają się dwa elementy: stricte zarobkowy oraz jako placówki ochrony zdrowia publicznego;”.
Mimo uznania roli aptek w ochronie zdrowia publicznego, NSA orzekł, iż o prawie do ulgi podatkowej decydują kryteria formalne, a nie faktycznie wykonywane zadania. Sąd jednoznacznie wskazał, że: „przepis art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych odnosi się wyłącznie do podmiotów leczniczych, czyli takich podmiotów, które są wpisane do rejestru podmiotów leczniczych; apteki nie funkcjonują w ww. rejestrze, więc nie mogą skorzystać z preferencji podatkowej w zakresie podatku od nieruchomości;”
Jednolita linia orzecznicza i konieczność zmian ustawowych
Sędziowie NSA podkreślili, iż w kwestii podatku od nieruchomości dla aptek wykształciło się jednolite orzecznictwo. W komunikacie DIA czytamy, iż według Sądu: „wykształciła się jednolita linia orzecznicza Naczelnego Sądu Administracyjnego, z której wynika, iż apteki nie są podmiotami, o których mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) ww. ustawy (dotychczas NSA nie wydał ani jednego wyroku, w którym stwierdziłby, iż jest inaczej);”
Konkluzja Sądu nie pozostawia złudzeń co do braku możliwości wywalczenia niższych podatków na drodze sądowej. W motywach ustnych zaznaczono bowiem, że: „zakwalifikowanie właścicieli aptek do preferencyjnej stawki podatku od nieruchomości wymagałoby zmiany przepisów prawa.”
DIA apeluje o nowelizację prawa
Wobec ostatecznych rozstrzygnięć NSA, samorząd aptekarski stoi na stanowisku, iż jedyną drogą do rozwiązania problemu jest zmiana ustawowa. Dolnośląska Izba Aptekarska podkreśla, iż apteki ogólnodostępne pełnią kluczową rolę społeczną i udzielają świadczeń zdrowotnych, co powinno znaleźć odzwierciedlenie w prawie podatkowym.
– W związku z tym Izba jest zdania, iż samorząd zawodu farmaceuty powinien kontynuować starania o zmianę przepisów prawa. W taki sposób, aby uwzględnić apteki ogólnodostępne w niższej stawce ww. podatku, z uwagi na ich wymierną wartość dla społeczeństwa oraz świadczenia zdrowotne, jakie są w nich udzielane – wskazują autorzy komunikatu, Prezes ORA DIA mgr farm. Marcin Repelewicz oraz r. pr. Piotr Sędlak
Dolnośląska Izba Aptekarska zadeklarowała przy tym pełną gotowość do dalszych prac na rzecz modyfikacji przepisów.
– Dolnośląska Izba Aptekarska deklaruje podjęcie dalszych starań, aby zarysowana zmiana legislacyjna została urzeczywistniona, skoro nie jest możliwe zakwalifikowanie aptek do preferencyjnej stawki podatku od nieruchomości w procesie stosowania przepisów prawa w obecnym brzmieniu – czytamy w komunikacie.
Wyroki z 22 lipca 2026 r. w praktyce zamykają sądową ścieżkę ubiegania się o preferencyjne opodatkowanie aptek. Dla podmiotów prowadzących apteki w całej Polsce oznacza to konieczność płacenia podatku według najwyższej stawki dla działalności gospodarczej. Ostateczny los stawek podatkowych dla aptek zależy w tej chwili od działań legislacyjnych podjętych przez samorząd zawodowy we współpracy z Ministerstwem Finansów
