Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 12 marca 2026 r. (sygn. akt III SA/Wa 2600/25) to kamień milowy w wieloletnich sporach branży farmaceutycznej z fiskusem. Sąd orzekł, iż podmioty stosujące mechanizmy dzielenia ryzyka (RSS) przy sprzedaży leków refundowanych mają prawo do pełnego oprocentowania nadpłaconego podatku VAT, jeżeli padły ofiarą błędnych interpretacji indywidualnych wydawanych przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.
Wyrok ten otwiera nową erę w relacjach państwa z koncernami farmaceutycznymi i likwiduje rażącą niesprawiedliwość systemową. Co istotne – jest on prawomocny, bo Dyrektor Izby Administracji Skarbowej się od niego nie odwołał do NSA.
Pułapka mechanizmów dzielenia ryzyka (RSS) w branży farmaceutycznej
System refundacji leków w Polsce oparty jest na różnych mechanizmach mających zachęcać firmy farmaceutyczne do dystrybucji ich preparatów w naszym kraju. Zgodnie z ustawą o refundacji leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobów medycznych, wprowadzenie nowatorskich oraz kosztownych terapii do katalogu świadczeń gwarantowanych wymaga częstokroć zawarcia z Ministrem Zdrowia tzw. umów o podziale ryzyka (ang. Risk Sharing Schemes – RSS).
W praktyce mechanizm ten sprowadza się do tego, iż podmiot odpowiedzialny dystrybuuje produkty lecznicze do hurtowni lub szpitali po urzędowej cenie zbytu ustalonej w decyzji refundacyjnej. Jednocześnie zobowiązuje się do zwracania na rzecz Narodowego Funduszu Zdrowia (NFZ) części uzyskanej kwoty refundacji lub obrotu. W efekcie kwota, jaką firma faktycznie zatrzymuje za dany lek, jest niższa od ceny wykazanej na pierwotnej fakturze zbytu do hurtowni. Sąd trafnie opisał tę zależność wskazując, iż taka firma: „(…) jest co najwyżej »czasowym depozytariuszem« otrzymanej kwoty, którą musi później zapłacić na rzecz NFZ”.
Z punktu widzenia logiki gospodarczej oraz europejskiego prawa VAT (art. 90 Dyrektywy 2006/112/WE) wpłata zwrotu refundacji do NFZ stanowi klasyczny rabat pośredni zmniejszający rzeczywisty obrót. Mimo to organy podatkowe przez lata prezentowały odmienne, profiskalne stanowisko. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stał na stanowisku, iż rozliczenia z NFZ są odrębną relacją cywilnoprawną i nie uprawniają firm farmaceutycznych do pomniejszania podstawy opodatkowania VAT oraz podatku należnego z tytułu dokonanej wcześniej sprzedaży.
Bezpieczeństwo prawne czy zamrożone miliony?
Dla przedsiębiorstw farmaceutycznych stanowisko skarbówki oznaczało ogromny problem finansowy i prawny. Firmy stanęły przed drastycznym dylematem:
- Niezastosowanie się do stanowiska KIS groziło zakwestionowaniem rozliczeń przez urzędy skarbowe, naliczeniem zaległości podatkowych, sankcjami VAT oraz odpowiedzialnością karnoskarbową osób zarządzających.
- Zastosowanie się do indywidualnej interpretacji oznaczało konieczność odprowadzania zawyżonego podatku VAT bez uwzględnienia zwrotów do NFZ. W skali wieloletnich portfeli leków refundowanych wiązało się to z zamrożeniem na rachunkach urzędów skarbowych gigantycznych kwot – sięgających dziesiątek milionów złotych.
W analizowanej przez WSA w Warszawie sprawie Spółka R. sp. z o.o., dystrybuująca produkty lecznicze finansowane przez NFZ, wystąpiła w lutym 2018 r. o wydanie interpretacji indywidualnych. Chciała uzyskać potwierdzenie, iż ma prawo obniżać podstawę opodatkowania VAT o kwoty zwracane do NFZ w ramach RSS. Dyrektor KIS w maju 2018 r. uznał jej stanowisko za nieprawidłowe.
Chcąc działać w zaufaniu do organów i uniknąć ryzyka sankcji, Spółka rozliczała VAT zgodnie z wytycznymi KIS, a jednocześnie zaskarżyła interpretacje do sądu administracyjnego. Sądowa batalia trwała lata. Wyrokami z 28 marca 2019 r. WSA w Warszawie uchylił błędne interpretacje, co w grudniu 2022 r. ostatecznie przypieczętował Naczelny Sąd Administracyjny.
Po wygranej w sądach Spółka złożyła korekty deklaracji VAT-7 za lata 2018–2023, uzyskując zwrot nadpłaconego podatku głównego w kwocie blisko 12,5 mln zł. Pojawił się jednak kolejny, jeszcze poważniejszy problem systemowy: fiskus odmówił wypłaty oprocentowania za okres, w którym bezprawnie korzystał z pieniędzy podatnika.
Urzędy odmówiły odsetek
Organy podatkowe (Naczelnik US i Dyrektor IAS w Warszawie) stanęły na stanowisku, iż przepisy Ordynacji podatkowej (art. 78 § 3) zawierają zamknięty katalog sytuacji, w których przysługuje oprocentowanie od nadpłat. Wskazywały, iż przepisy wprost wymieniają sytuację uchylenia decyzji podatkowej, milczą natomiast na temat uchylenia interpretacji indywidualnej.
Organ odwoławczy argumentował, iż interpretacja indywidualna nie jest aktem władczym i podatnik „nie musiał się do niej stosować”, a skoro zastosował się dobrowolnie, to państwo nie ponosi odpowiedzialności za koszty zamrożenia jego kapitału.
Taka argumentacja sprowadzała instytucję interpretacji indywidualnych oraz zawartą w art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej ustawową zasadę nieszkodzenia do roli fikcji prawnej. Podatnik, który postąpił zgodnie z państwową wykładnią prawa, został w praktyce ukarany bezpłatnym kredytowaniem budżetu państwa przez wiele lat.
Wojna z „luką aksjologiczną”
Skarga Spółki R. sp. z o.o. trafiła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który w marcu tego roku wydał przełomowy wyrok. Sąd uchylił decyzję Dyrektora IAS i przyznał pełną rację skarżącemu podatnikowi. najważniejsze motywy wyroku dotykają samych fundamentów państwa prawa, konstytucyjnej zasady równości oraz prawnej ochrony przedsiębiorcy.
Zasada nieszkodzenia musi być realna
Sąd jednoznacznie odrzucił cyniczne twierdzenie organów, iż podatnik „nie musiał” stosować się do wydanej interpretacji. Wskazał, iż ustawowa klauzula z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej, stanowiąca, iż zastosowanie się do interpretacji „nie może szkodzić wnioskodawcy”, musi gwarantować pełną rekompensatę ekonomiczną:
– Ujęty w tym przepisie zwrot »nie szkodzić« (…) należało zaś w realiach rozpoznanej sprawy rozumieć przez pryzmat wyrównania Spółce strat wynikających z braku możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi, na skutek wydanych dla niej wadliwych interpretacji indywidualnych, przez zastosowanie instytucji oprocentowania nadpłat jako adekwatnej dla tego rodzaju sytuacji – czytamy w orzeczeniu.
Luka aksjologiczna i stosowanie analogii (per analogiam legis)
Najważniejszym elementem rozstrzygnięcia jest uznanie przez WSA, iż brak wprost w art. 78 § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej zapisu o oprocentowaniu nadpłaty wynikającej z uchylenia interpretacji jest niezgodną z Konstytucją RP luką w prawie, którą sądy mają obowiązek uzupełniać w drodze analogii:
– Sąd podziela zatem pogląd, zgodnie z którym brak wskazania w art. 78 § 3 pkt 1 O.p., iż oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej, do której wnioskodawca się zastosował uiszczając zgodnie z zawartą w niej oceną prawną w istocie nienależny podatek, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. W celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k § 1 O.p., lukę tę należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis – czytamy w orzeczeniu.
Sąd zaznaczył, iż zakaz stosowania analogii w prawie podatkowym dotyczy jedynie rozszerzania zakresu opodatkowania na niekorzyść obywatela, nie blokuje zaś stosowania gwarancji ochronnych wywodzonych z Konstytucji RP.
Ekonomiczna natura oprocentowania
Sąd przypomniał też organom podatkowym, czym w świetle prawa jest oprocentowanie nadpłaty – nie jest to dodatkowy zysk podatnika, ale rekompensata za bezprawne pozbawienie go kapitału.
– Oprocentowanie nadpłaty jest swoistego rodzaju rekompensatą dla podatnika za niezgodne z prawem przetrzymywanie (dysponowanie) cudzych zasobów pieniężnych, pozostające w ścisłym związku z okresem tego bezpodstawnego przetrzymywania, czyli terminem zwrotu nadpłaty przez organ – wskazał sąd.
Czy to przełom dla branży farmaceutycznej
Większość koncernów farmaceutycznych działających na polskim rynku leków refundowanych i stosujących instrumenty dzielenia ryzyka zmagała się z analogicznymi rozstrzygnięciami organów podatkowych. Decyzje KIS z lat 2018–2022 doprowadziły do skumulowania w skali całej branży setek milionów złotych w postaci nienależnie odprowadzonego podatku VAT. Omówiony wyrok stanowi jasny sygnał, iż przedsiębiorstwa te mają pełne prawo żądać od Skarbu Państwa wypłaty odsetek za cały okres, w którym ich środki były zamrożone w wyniku stosowania błędnych interpretacji KIS.
Jednocześnie przez lata organy skarbowe traktowały interpretacje indywidualne jako „niewiążące porady”, przerzucając całe ryzyko błędnej wykładni na podatnika. Wyrok WSA z 12 marca 2026 r. ostatecznie przełamuje również tę praktykę. Sądy jednoznacznie wskazują: jeżeli państwo poprzez swój organ wydaje błędną wykładnię, a podatnik w zaufaniu do państwa się do niej stosuje, państwo musi ponieść pełną odpowiedzialność finansową za koszty tego błędu.
Dla rynku farmaceutycznego rozstrzygnięcie to oznacza potężne wzmocnienie bezpieczeństwa inwestycyjnego. Wdrażanie innowacyjnych mechanizmów dzielenia ryzyka (RSS) przy współpracy z Ministrem Zdrowia i NFZ nie może stanowić pułapki podatkowej, w której cenę za niejasne lub błędne stanowisko skarbówki płaci inwestor.
