Magdalena Joanna Borkowska, z wykształcenia prawnik, całe swoje zawodowe życie związana jest z systemem ochrony zdrowia. Przez wiele lat pracowała w Podlaskiej Regionalnej Kasie Chorych oraz Narodowym Funduszu Zdrowia. Była m.in. zastępcą dyrektora oraz pełniła obowiązki dyrektora podlaskiego oddziału NFZ. Jako wykładowca prowadziła zajęcia na studiach podyplomowych z zakresu zarządzania jednostkami ochrony zdrowia. Pracowała również w Centrali NFZ.
W 2023 roku została powołana do Podlaskiej Rady Kobiet. Jest również fundatorką Fundacji „Pierwsi dla piersi”.
W codziennej pracy kieruje się słowami wybitnego polskiego psychologa Jacka Santorskiego – „Zarządzanie polega na tym, żeby robić rzeczy adekwatnie, a przywództwo, żeby robić adekwatne rzeczy”. Duży nacisk kładzie na sprawną organizację pracy. Jako priorytet traktuje profesjonalną opiekę nad pacjentem oraz dalszy rozwój BCO.
Magdalena Joanna Borkowska będzie zarządzać Białostockim Centrum Onkologii przez najbliższe sześć lat.