Nowe międzynarodowe badanie kolaboracyjne dostarcza listę gatunków dzikich zwierząt obecnych na targu, z których SARS-CoV-2, wirus odpowiedzialny za pandemię COVID-19, najprawdopodobniej powstał pod koniec 2019 roku. Badanie opiera się na nowej analizie danych metatranskryptomicznych opublikowanych przez Chińskie Centrum Kontroli i Zapobiegania Chorobom (CDC). Dane pochodzą z ponad 800 próbek zebranych na targu hurtowym owoców morza Huanan i wokół niego od 1 stycznia 2020 roku oraz z genomów wirusowych zgłoszonych od wczesnych pacjentów z COVID-19. Badanie ukazało się 19 września w czasopiśmie Cell.
„To jeden z najważniejszych zestawów danych, jakie istnieją na temat pochodzenia pandemii COVID-19” — mówi współautorka Florence Débarre z francuskiego Narodowego Centrum Badań Naukowych (CNRS). „Jesteśmy niezmiernie wdzięczni, iż dane istnieją i zostały udostępnione”.
„Niniejszy artykuł dodaje kolejną warstwę do gromadzących się dowodów, które wskazują na ten sam scenariusz: zakażone zwierzęta trafiły na rynek w połowie lub pod koniec listopada 2019 r., co wywołało pandemię” – mówi współautor artykułu Kristian Andersen ze Scripps Research.
„Przeanalizowaliśmy, w nowy i rygorystyczny sposób, niezwykle ważne dane zebrane przez chiński zespół CDC” — mówi współautor Michael Worobey z University of Arizona. „To wiarygodna analiza tych danych i tego, jak pasują do reszty ogromnego zbioru dowodów, którymi dysponujemy na temat tego, jak rozpoczęła się pandemia”.
1 stycznia 2020 r., po usunięciu zwierząt i zaledwie kilka godzin po zamknięciu targu, śledczy z chińskiego CDC udali się na targ, aby pobrać próbki. Pobrali wymazy z podłóg, ścian i innych powierzchni stoisk; wrócili kilka dni później, aby skupić się na powierzchniach w stoiskach sprzedających dzikie zwierzęta, takich jak klatka i wózki używane do przemieszczania zwierząt, a następnie pobrali również próbki z odpływów i ścieków.
Wykonali metatranskryptomiczne sekwencjonowanie próbek, technikę mającą na celu uzyskanie wszystkich sekwencji RNA (i która może również wykryć DNA) ze wszystkich organizmów obecnych w próbkach — wirusów, bakterii, roślin, zwierząt, ludzi. Chiński zespół CDC, kierowany przez Liu Juna, opublikował swoje dane i wyniki w 2023 r. w czasopiśmie Nature. Jednak artykuł pozostawił nierozstrzygnięte dokładne tożsamości gatunków zwierząt znalezionych w danych, które mogłyby reprezentować prawdopodobnych żywicieli pośrednich. Chińskie CDC udostępniło swoje dane sekwencjonowania w publicznych i otwartych repozytoriach.
Według najnowszej analizy tych danych opublikowanej w Cell, SARS-CoV-2 był obecny w niektórych z tych samych straganów, co dzikie zwierzęta sprzedawane na targu — w tym szopy pracze (małe zwierzęta przypominające lisy o umaszczeniu podobnym do szopów) i cywety (małe mięsożerne ssaki spokrewnione z mangustami i hienami). W niektórych przypadkach materiał genetyczny wirusa SARS-CoV-2 i tych zwierząt został znaleziony choćby na tych samych wymazach. Dokładne gatunki zwierząt zidentyfikowano poprzez genotypowanie ich genomów mitochondrialnych w próbkach.
„Wiele kluczowych gatunków zwierząt zostało wytępionych przed przybyciem chińskich zespołów CDC, więc nie możemy mieć bezpośredniego dowodu na to, iż zwierzęta zostały zarażone” — mówi Débarre. „Widzimy ślady DNA i RNA tych zwierząt w próbkach środowiskowych, a niektóre znajdują się w boksach, w których znaleziono również SARS-CoV-2. Tego można by się spodziewać w scenariuszu, w którym na targu znajdowałyby się zarażone zwierzęta”.
„To te same zwierzęta, które, jak wiemy, ułatwiły pierwotnemu koronawirusowi SARS przedostanie się do ludzi w 2002 r.”, dodaje Worobey. „To najbardziej ryzykowne, co możemy zrobić – wziąć dzikie zwierzęta, w których roi się od wirusów, a następnie bawić się ogniem, sprowadzając je na kontakt z ludźmi mieszkającymi w sercu dużych miast, których gęstość zaludnienia ułatwia tym wirusom rozprzestrzenianie się”.
Międzynarodowy zespół przeprowadził również analizę ewolucyjną najwcześniejszych genomów wirusowych zgłoszonych w pandemii, w tym tych sekwencji środowiskowych, i wywnioskował najbardziej prawdopodobne genotypy progenitorowe wirusa, który zainfekował ludzi i doprowadził do pandemii COVID-19. Wyniki sugerują, iż przed wybuchem epidemii na rynku było bardzo niewielu, jeżeli w ogóle, ludzi zakażonych. Jest to zgodne z rozprzestrzenianiem się wirusa ze zwierząt na ludzi w ramach rynku. Mogły również wystąpić rozprzestrzeniania się wirusa o ograniczonym wpływie w bezpośrednim handlu zwierzętami w górnym biegu rzeki.
„W tym artykule pokazujemy, iż sekwencje powiązane z rynkiem są zgodne z pojawieniem się rynku” — mówi Débarre. „Główna różnorodność SARS-CoV-2 była na rynku od samego początku”.
Nowe badanie wylądowało na krótkiej liście gatunków zwierząt na targu mokrym, które znaleziono współwystępujące lub blisko próbek wirusowych, które mogłyby reprezentować najbardziej prawdopodobnych żywicieli pośrednich dla SARS-CoV-2. Zwykły szop pracz, gatunek podatny na SARS-CoV-2 i który był nosicielem SARS-CoV w 2003 r., został uznany za zwierzę o największej liczebności genetycznej w próbkach z kramów dzikich zwierząt na targu. Materiał genetyczny z cywety palmowej maskowej, które były również związane z wcześniejszym wybuchem SARS-CoV, został również znaleziony w straganie z RNA SARS-CoV-2. Inne gatunki, takie jak szczur bambusowy Hoary i jeżozwierze malajskie, również zostały znalezione w próbkach pozytywnych na SARS-CoV-2, a także wiele innych gatunków.
Chociaż dane nie mogą jednoznacznie potwierdzić, czy jedno lub więcej zwierząt mogło zostać zakażonych, analizy zespołu badawczego przedstawiają jasną listę gatunków, które najprawdopodobniej mogły przenosić wirusa, a także informacje genetyczne, które mogą pomóc w ustaleniu ich pochodzenia.
Śledczy podkreślają znaczenie zrozumienia źródeł pandemii COVID-19, zwłaszcza w świetle innych niedawnych skutków ubocznych, takich jak rozprzestrzenianie się wirusów ptasiej grypy u bydła w Stanach Zjednoczonych. „Pojawiło się wiele dezinformacji i błędnych informacji na temat pochodzenia SARS-CoV-2” — mówi Worobey. „Powodem, dla którego tak ważne jest odkrycie tego, jest to, iż wpływa to na bezpieczeństwo narodowe i zdrowie publiczne, nie tylko w Stanach Zjednoczonych, ale na całym świecie. A prawda jest taka, iż od czasu wybuchu pandemii ponad cztery lata temu, chociaż zwiększono nacisk na bezpieczeństwo laboratoryjne, kilka zrobiono, aby zmniejszyć ryzyko ponownego wystąpienia takiego scenariusza odzwierzęcego”.
