Sądy bezlitosne w sprawie aptek. Ich właściciele muszą liczyć na zmianę przepisów…

mgr.farm 5 godzin temu

W ostatnich latach istotnie zmieniło się oblicze i rola jaką odgrywają apteki w systemie ochrony zdrowia. Od czasu pandemii farmaceuci nie tylko wydają w nich leki, ale też przeprowadzają szczepienia. Z perspektywy właściciela apteki, transformacja ta wydaje się oczywista. Dlatego coraz częściej domagają się oni innego traktowania przez lokalne samorządy. Najbardziej widoczne jest to w ich staraniach, dotyczących objęcia preferencyjną stawką podatku od nieruchomości. Taka przysługuje placówką udzielających świadczeń zdrowotnych.

Niestety póki co to starania skazane na porażkę. Dowodzi tego najnowszy wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 25 lutego 2026 r. (sygn. akt III FSK 21/25). Sąd stanął w nim na stanowisku, iż apteka, mimo wykonywania świadczeń zdrowotnych, w świetle przepisów o podatkach lokalnych pozostaje „zwykłą” powierzchnią komercyjną.

Misja publiczna a fiskalizm

Sprawa, która trafiła przed oblicze NSA, zaczęła się od wniosku o wznowienie postępowania podatkowego za 2023 rok. Właścicielka apteki (Skarżąca) argumentowała, iż w grudniu 2022 r. w jej placówce otwarto punkt szczepień ochronnych. W związku z tym uznała, iż powierzchnia 157,10 m² powinna zostać opodatkowana preferencyjną stawką podatku od nieruchomości. adekwatną dla budynków związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych.

Z perspektywy właścicielki apteki argumentacja była logiczna i spójna:

Apteka nie jest już tylko punktem handlowym. Wykonywanie szczepień to usługa o charakterze stricte medycznym, ratująca życie i zdrowie publiczne.
Prawo farmaceutyczne wprost definiuje apteki jako placówki ochrony zdrowia publicznego.
Skoro ustawodawca chce wspierać podmioty leczące ludzi niższą stawką podatku, to pominięcie aptek, które aktywnie uczestniczą w narodowych programach szczepień, jest niesprawiedliwe i niekonsekwentne.

W skardze kasacyjnej właścicielka podnosiła, iż pojęcie „podmioty udzielające tych świadczeń” nie powinno ograniczać się wyłącznie do placówek wpisanych do rejestru podmiotów leczniczych. Powinno obejmować również apteki ogólnodostępne, które faktycznie takich świadczeń udzielają.

Mur nie do przebicia…

Sądy administracyjne obu instancji (WSA w Gliwicach oraz NSA) pozostały jednak głuche na argumenty o „misji” aptek. Skupiły się na literalnej wykładni przepisów. Kluczowym problemem okazał się art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (u.p.o.l.).

NSA przypomniał, iż dla zastosowania niższej stawki muszą zostać spełnione łącznie dwie przesłanki:

Budynek musi być związany z udzielaniem świadczeń zdrowotnych w rozumieniu przepisów o działalności leczniczej.
Musi być zajęty przez podmiot udzielający tych świadczeń.

I tutaj pojawia się prawny paradoks. Zgodnie z ustawą o działalności leczniczej, aby być uznanym za taki podmiot, wymagany jest wpis do odpowiedniego rejestru prowadzonego przez wojewodę. Tymczasem apteki działają na podstawie Prawa farmaceutycznego i są wpisane do innego rejestru – Rejestru Aptek. Co więcej, polskie prawo wprowadza zakaz łączenia tych statusów.

– Podmiot prowadzący aptekę ogólnodostępną nie może być podmiotem leczniczym, tj. nie może być wpisany do rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą – zauważył Naczelny Sąd Administracyjny.

W tej sytuacji właściciel apteki znajduje się więc w pułapce. Wykonuje czynności medyczne (szczepienia), ale z mocy prawa nie może uzyskać statusu, który uprawniałby go do niższej stawki podatku od nieruchomości.

Szczepienia jako „działalność uboczna”

Jednym z najbardziej kontrowersyjnych fragmentów uzasadnienia NSA jest ocena wagi szczepień wykonywanych w aptekach. Sąd uznał, iż choćby jeżeli farmaceuci szczepią setki osób, nie zmienia to podstawowego charakteru ich działalności.

– Przyznanie aptekom statusu placówki ochrony zdrowia publicznego (…) nie oznacza zarazem, iż jest ona podmiotem wykonującym świadczenia zdrowotne (…) choćby o ile w aptece dokonywane są ubocznie czynności z zakresu pomiaru ciśnienia krwi czy też wykonywania szczepień, które co do zasady należą do lekarzy lub pielęgniarek – czytamy w uzasadnieniu.

Dla przedsiębiorcy prowadzącego aptekę takie postawienie sprawy jest krzywdzące. Zorganizowanie punktu szczepień wymaga spełnienia rygorystycznych norm sanitarnych, przeszkolenia personelu i wydzielenia odpowiedniej powierzchni. Nazwanie tego „działalnością uboczną” czy „epizodyczną” w kontekście walki z epidemiami wydaje się ignorować realia rynkowe i społeczne, w jakich funkcjonują dzisiejsze apteki.

– Uprawnienie podmiotów prowadzących apteki do dokonywania szczepień (…) nie niweluje faktu, iż jest to działalność uboczna (epizodyczna) w stosunku do podstawowej formy aktywności, jaką jest opieka farmaceutyczna i sprzedaż leków – podkreślił jednak NSA.

Fiskus stawia na równość, czyli każdy płaci tyle samo

Właścicielka apteki w swojej argumentacji odwoływała się również do zasad konstytucyjnych. Sugerowała, iż różnicowanie sytuacji podatkowej przychodni i aptek (w zakresie, w jakim obie te placówki szczepią) narusza zasadę równości. NSA odrzucił ten tok myślenia, wskazując, iż to właśnie rygorystyczne trzymanie się przepisów gwarantuje sprawiedliwość. Sąd argumentował, iż wszelkie ulgi i preferencje stanowią wyłom od zasady powszechności opodatkowania, więc należy je interpretować ściśle.

– Wprowadzenie wyłomu od zasady równości i powszechności opodatkowania (…) wymaga wyraźnej wypowiedzi prawodawcy zawartej w ustawie. (…) Ustawodawca, ustalając preferencyjne stawki (…) dla podmiotów wykonujących działalność leczniczą (w odróżnieniu od aptek), świadomie zróżnicował sytuację prawnopodatkową obu tych kategorii – uznał NSA.

Z punktu widzenia właściciela apteki, ta „świadoma decyzja ustawodawcy” jest formą kary za elastyczność i wsparcie systemu ochrony zdrowia. Choć państwo chętnie korzysta z infrastruktury aptek do realizacji celów zdrowotnych, nie zamierza rezygnować z wpływów do budżetów gmin z tytułu podatku od nieruchomości według najwyższej stawki (związanej z działalnością gospodarczą).

Co ten wyrok oznacza dla branży?

Wyrok NSA o sygnaturze III FSK 21/25 w praktyce zamyka drogę do ubiegania się o zwroty podatku od nieruchomości przez właścicieli aptek, którzy liczyli na to, iż punkty szczepień „odczarują” ich status podatkowy. To kolejny tego typu wyrok NSA, wpisujący się w dotychczasową linię orzeczniczą. Bez zmiany przepisów na poziomie ustawowym nie ma szans na niższą stawkę podatku. Fiskus postrzega szczepienia w aptekach jako działalność handlową wspomaganą usługą medyczną, a nie jako rdzeń działalności leczniczej. Próby wzruszania starych decyzji podatkowych (jak w opisywanej sprawie) na podstawie otwarcia punktów szczepień są skazane na niepowodzenie. Sądy nie uznają tego za „istotną nową okoliczność faktyczną” w rozumieniu Ordynacji podatkowej.

Dla właścicieli aptek pozostaje jedynie lobbowanie na rzecz zmiany definicji w ustawie o podatkach i opłatach lokalnych. Do tego czasu każda strzykawka użyta w aptece, choć ratuje zdrowie, z perspektywy podatkowej będzie traktowana jak każdy inny towar na półce – obłożona najwyższą możliwą daniną na rzecz gminy.

– Przyznanie aptekom prawa do wykonywania szczepień ochronnych (…) nie uprawnia do poglądu, iż apteka jest podmiotem wykonującym działalność leczniczą – to zdanie z uzasadnienia NSA najdobitniej podsumowuje obecny stan prawny.

Właściciele aptek muszą pogodzić się z faktem, iż ich wkład w system ochrony zdrowia pozostaje niedoceniony przez prawo podatkowe. Walka o niższe stawki na drodze sądowej – przynajmniej na razie – wydaje się bezcelowa.

Źródło: