KSeF w aptekach: co zmienia się od 1 kwietnia 2026 r.?

Od 2026 roku przedsiębiorców w Polsce czeka jedna z największych zmian w obszarze rozliczeń podatkowych ostatnich lat – obowiązkowe korzystanie z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Proces jego wdrażania został podzielony na dwa etapy. Pierwszy rozpoczął się 1 lutego 2026 r., a drugi – kluczowy– zacznie obowiązywać 1 kwietnia 2026 r.

Dla wielu placówek aptecznych właśnie ta druga data oznacza realne wejście w nową rzeczywistość fakturowania. Owszem faktury są odbierane bezpośrednio z KSeF już od 1 lutego, natomiast od 1 kwietnia również będziemy je wystawiać. Warto więc podsumować, jakie zmiany nastąpią i jakie konsekwencje praktyczne będą miały dla funkcjonowania aptek.

KSeF – krótko o systemie

Krajowy System e-Faktur to centralna platforma Ministerstwa Finansów służąca do wystawiania, przesyłania i odbierania tzw. faktur ustrukturyzowanych. Dokumenty te nie mają już formy tradycyjnego PDF-a lub papieru, ale są plikami XML zgodnymi ze specjalną strukturą.

Faktura uznawana jest za wystawioną dopiero w momencie jej przesłania do systemu i nadania przez KSeF numeru identyfikacyjnego. Od tej chwili dokument staje się dostępny dla odbiorcy w systemie.

Docelowo oznacza to przejście całej gospodarki na jednolity elektroniczny obieg faktur.

• Czytaj więcej: KSeF a refundacja z NFZ – jak apteka powinna rozliczać refundację leków w systemie e-Faktur?

Harmonogram wdrożenia KSeF

Wdrożenie obowiązkowego systemu e-faktur zostało rozłożone na kilka etapów.

• 1 lutego 2026 r. – obowiązek wystawiania faktur w KSeF objął największych podatników (z obrotem powyżej 200 mln zł).
• 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek zostaje rozszerzony na wszystkich pozostałych przedsiębiorców.

W praktyce oznacza to, iż większość aptek w Polsce będzie zobowiązana do wystawiania faktur w KSeF od 1 kwietnia 2026 r.

Co zmieniło się już wcześniej – odbiór faktur

Choć obowiązek wystawiania faktur przez wiele aptek zacznie się dopiero w kwietniu, pierwsze zmiany branża farmaceutyczna odczuła już w lutym 2026 r. Od tego momentu wszystkie przedsiębiorstwa – w tym apteki – muszą być przygotowane do odbioru faktur z KSeF, choćby jeżeli same nie wystawiają jeszcze faktur w tym systemie.

W praktyce dotyczy to przede wszystkim współpracy z hurtowniami farmaceutycznymi oraz dużymi dostawcami. Największe firmy już od lutego wystawiają faktury wyłącznie w KSeF, dlatego apteki muszą je odbierać właśnie w tej formie.

Najważniejsza zmiana od 1 kwietnia 2026 r.

Od 1 kwietnia 2026 r. większość aptek będzie zobowiązana do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w KSeF.

Dotyczy to m.in.:

• aptek indywidualnych prowadzonych w formie jednoosobowej działalności gospodarczej,
• spółek prowadzących pojedyncze apteki,
• średnich sieci aptecznych, które nie były objęte pierwszym etapem wdrożenia.

W efekcie każda faktura VAT wystawiana przez aptekę dla innego przedsiębiorcy powinna być wygenerowana w systemie KSeF.

Faktury dla podmiotów medycznych

Zmiana szczególnie istotna dla aptek dotyczy współpracy z placówkami ochrony zdrowia.

Jeżeli apteka sprzedaje produkty lecznicze lub wyroby medyczne na rzecz:

• przychodni,
• gabinetów lekarskich,
• szpitali,
• innych podmiotów leczniczych prowadzących działalność gospodarczą,

to od 1 kwietnia 2026 r. faktura powinna być wystawiona w KSeF, ponieważ jest to klasyczna transakcja B2B (między przedsiębiorcami).

• Czytaj więcej: Faktura „na Premiera” w aptece? Granice obowiązku farmaceuty w świetle prawa

Faktury dla pacjentów – inne zasady

W przypadku sprzedaży dla pacjentów będących osobami fizycznymi nieprowadzącymi działalności gospodarczej obowiązują inne zasady.

Co do zasady sprzedaż w aptece jest dokumentowana paragonem fiskalnym, a faktura dla pacjenta wystawiana jest jedynie na jego żądanie. W takich przypadkach:

• faktura nie musi być wystawiana w KSeF,
• może zostać wystawiona poza systemem – np. w formie tradycyjnej lub elektronicznej.

Wynika to z faktu, iż osoby fizyczne nieposiadające działalności gospodarczej nie mają obowiązku korzystania z KSeF, a system został zaprojektowany przede wszystkim do obsługi transakcji między przedsiębiorcami.

Podsumowanie

1 kwietnia 2026 r. to data, która dla większości aptek oznacza pełne wejście w obowiązkowy system e-fakturowania. Po wcześniejszym etapie – obejmującym obowiązek odbioru faktur kosztowych z KSeF – od kwietnia apteki będą musiały również wystawiać faktury sprzedażowe w systemie KSeF. W praktyce oznacza to całkowitą zmianę sposobu fakturowania w relacjach B2B i konieczność dostosowania systemów informatycznych wykorzystywanych w aptekach.

©MGR.FARM