Refundacja kosztów leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyrobów medycznych wynika z ustawy z dnia 12 maja 2011 r. o refundacji leków. Apteka, realizując receptę refundowaną, działa na podstawie umowy zawartej z adekwatnym oddziałem wojewódzkim Narodowego Funduszu Zdrowia.
Z perspektywy cywilnoprawnej mamy do czynienia z dwoma odrębnymi stosunkami prawnymi:
- sprzedażą produktu leczniczego pacjentowi (część odpłatna),
- rozliczeniem kwoty refundacji pomiędzy apteką a NFZ.
To rozróżnienie ma najważniejsze znaczenie w kontekście KSeF. To dlatego, iż obowiązek wystawienia faktury zależy od tego, czy mamy do czynienia z odpłatną dostawą towarów lub świadczeniem usług w rozumieniu ustawy o VAT.
- Czytaj więcej: KSeF w aptekach – co się zmienia od 1 lutego 2026 roku?
Czy refundacja z NFZ podlega fakturowaniu?
Co do zasady, refundacja przekazywana przez NFZ nie stanowi klasycznej sprzedaży towarów ani usług na rzecz Funduszu. Sprzedaż następuje na rzecz pacjenta. To on jest nabywcą towaru w rozumieniu ustawy o VAT. NFZ jedynie pokrywa część ceny, działając jako podmiot finansujący świadczenie zdrowotne.
W praktyce oznacza to, że:
- sprzedaż dokumentowana jest paragonem fiskalnym (a w razie żądania – fakturą dla pacjenta),
- rozliczenie refundacji z NFZ odbywa się na podstawie raportów refundacyjnych i komunikatów elektronicznych,
- w większości przypadków apteka nie wystawia faktury VAT na NFZ z tytułu refundacji.
Refundacja ma charakter publicznoprawny. Wynika z ustawowego mechanizmu finansowania świadczeń, a nie z umowy sprzedaży towaru na rzecz NFZ.
- Czytaj również: Od 1 lutego 2026 kolejne sześć szczepień bezpłatnych w aptekach
KSeF – zakres obowiązku
KSeF dotyczy faktur ustrukturyzowanych w rozumieniu przepisów ustawy o VAT. Obowiązek korzystania z systemu obejmuje podatników wystawiających faktury dokumentujące czynności podlegające opodatkowaniu VAT (z wyjątkiem przewidzianych ustawą wyłączeń).
Jeżeli dana czynność nie wymaga wystawienia faktury VAT (bo nie stanowi dostawy towaru ani świadczenia usług na rzecz danego podmiotu), to nie powstaje obowiązek jej dokumentowania w KSeF.
W kontekście refundacji oznacza to, że:
- jeżeli apteka nie wystawia faktury VAT na NFZ – nie ma obowiązku przesyłania dokumentu do KSeF,
- rozliczenia refundacyjne dokonywane na podstawie zestawień zbiorczych i raportów nie są „fakturami” w rozumieniu ustawy o VAT,
- noty księgowe czy dokumenty rozliczeniowe stosowane w relacjach z NFZ nie podlegają KSeF.
Podsumowanie
Refundacja leków przez Narodowy Fundusz Zdrowia nie jest co do zasady sprzedażą towaru na rzecz Funduszu, ale mechanizmem finansowania części ceny zapłaconej przez pacjenta. W konsekwencji rozliczenia refundacyjne nie wymagają wystawiania faktur VAT, a tym samym nie podlegają obowiązkowi raportowania w KSeF.
Dla aptek oznacza to, iż wdrożenie KSeF nie zmienia zasad rozliczania refundacji, ale koncentruje się na fakturach dokumentujących rzeczywistą sprzedaż B2B. najważniejsze pozostaje prawidłowe rozróżnienie charakteru prawnego danej czynności. To ono decyduje o obowiązku (lub jego braku) wystawienia faktury ustrukturyzowanej.
