Kawa nie zatrzymuje się w żołądku. Część zawartych w niej związków pokonuje dalszą drogę i dociera aż do jelita grubego. Tam przejmują je mikroorganizmy. Mogą rozkładać niektóre składniki i przekształcać je w kolejne związki. Najnowszy przegląd badań wskazuje, iż na to, co ostatecznie trafia do jelit, może wpływać także sposób przygotowania kawy.