Rok 2020 zapisał się w historii rynku farmaceutycznego i medycznego jako czas ekstremalnej niepewności, braków środków ochrony indywidualnej oraz konieczności błyskawicznej adaptacji placówek do rygorów sanitarnych. Właściciele aptek i przychodni musieli podejmować decyzje w warunkach zerwanych łańcuchów dostaw, dyktatu cenowego dostawców oraz dynamicznie zmieniających się przepisów. Jak się jednak okazuje po latach, dla organów skarbowych nadzwyczajne warunki rynkowe z czasów pandemii nie stanowią żadnego usprawiedliwienia.
Przekonał się o tym przedsiębiorca działający w sektorze usług medycznych i farmaceutycznych, któremu urzędnicy skarbowi zakwestionowali rozliczenia podatku dochodowego od osób fizycznych (PIT) za 2020 rok, zarzucając mu udział w fikcyjnym obrocie gospodarczym i posługiwanie się tzw. „pustymi fakturami”. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach stanął jednak po stronie przedsiębiorcy.
Apteki w walce z pandemią
Skarżący przedsiębiorca – koordynator aptek – prowadził działalność gospodarczą skupioną m.in. na zarządzaniu lokalami aptecznymi, organizowaniu środków ochrony osobistej dla placówek medycznych, a także inwestycjach w infrastrukturę zdrowotną. W zeznaniu PIT-36L za 2020 r. wykazał przychód w wysokości ponad 3,46 mln zł oraz koszty uzyskania przychodów rzędu 3,27 mln zł, osiągając dochód na poziomie 189 tys. zł.
W dobie masowego zapotrzebowania na artykuły medyczne przedsiębiorca zaangażował się w sprowadzanie maseczek ochronnych z Azji, modernizację pomieszczeń aptecznych czy instalację klimatyzacji.
Naczelnik Urzędu Skarbowego, a za nim Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach, uznali jednak, iż przeważająca część tych operacji miała charakter wyłącznie papierowy. Organy podatkowe zredukowały wykazany przychód z działalności do zaledwie 398 tys. zł, wyeliminowały znaczne kwoty z kosztów uzyskania przychodów i określiły stratę podatkową w wysokości 543 400,48 zł, jednocześnie przerzucając ponad 2,78 mln zł do kategorii „dochodów z innych źródeł” opodatkowanych na zasadach ogólnych.
Anatomia zarzutów: Z czym musiał zmierzyć się przedsiębiorca?
Urzędnicy skarbowi skierowali zarzuty w cztery najważniejsze obszary działalności apteczno-medycznej podatnika:
Obrót maseczkami medycznymi (zarzut „pustych faktur”)
Fiskus zakwestionował zakup maseczek ochronnych od na kwotę ponad 1,6 mln zł netto oraz ich dalszą sprzedaż na rzecz podmiotów branżowych, w tym aptek, przychodni, hospicjów oraz stowarzyszeń. Zdaniem organów spółka nie posiadała zaplecza logistycznego, a jej zarząd nie brał osobistego udziału w transakcjach, opierając się na pełnomocnikach. Fiskus wywiódł z tego wniosek, iż spółka nie nabyła prawa do rozporządzania towarem jak właściciel, a sam obrót odbywał się wyłącznie fakturowo, bez fizycznego przepływu towaru do końcowych odbiorców.
Remonty aptek i montaż klimatyzacji:
Organy odrzuciły wydatki na kwotę ponad 150 tys. zł z tytułu prac remontowych, odnowienia budynków aptecznych i montażu klimatyzacji zrealizowanych przez firmę Z. Powodem był fakt, iż formalny właściciel firmy Z (T.B.) przekazał prowadzenie spraw swojemu koledze (P.M.), co według organów świadczyło o wygenerowaniu nierzetelnych faktur.
Analizy rynkowe i sprzedaż sprzętu medycznego:
Skreślono z kosztów wydatki na kwotę 50 tys. zł dotyczące analiz rentowności prowadzenia aptek w czasie pandemii oraz zapotrzebowania na produkty COVID-19 zamówione u wspólniczek apteki. Wyłączono też przychody ze sprzedaży sprzętu okulistycznego (tomografu, ultrasonografu, lampy szczelinowej), twierdząc, iż wspólniczki apteki nie miały wiedzy o tych transakcjach.
Inwestycje i nakłady na nieruchomości apteczne:
Fiskus zakwestionował koszty i przychody wynikające z umów przeniesienia ogółu praw i obowiązków oraz nakładów na budynki aptek, argumentując, iż roszczenia o zwrot nakładów nie istniały lub nastąpiło ich wcześniejsze zrzeczenie.
Aresztowania i batalia o prawdę materialną
Sytuacja przedsiębiorcy była wyjątkowo trudna z przyczyn pozaekonomicznych. W latach 2021–2025 (od 25 maja 2021 r. do 5 marca 2025 r.) przebywał on w tymczasowym areszcie. Całe postępowanie kontrolne i podatkowe toczyło się w czasie, gdy podatnik był odcięty od swoich serwerów firmowych, skrzynek e-mailowych, dokumentacji księgowej oraz możliwości bezpośredniego przesłuchiwania świadków czy zgłaszania wniosków dowodowych.
Po opuszczeniu aresztu w marcu 2025 r. przedsiębiorca wraz z profesjonalnym pełnomocnikiem podjął intensywną batalię procesową, odtwarzając najważniejsze dowody:
Dowody logistyczne na maseczki:
Przedłożono korespondencję e-mail z dostawcami, certyfikaty medyczne, a przede wszystkim listy przewozowe i potwierdzenia usług kurierskich D1 (DPD/DHL) na transport 936 000 sztuk maseczek z Chin do składu budowlanego i dalej do odbiorców.
Fizyczny towar w aptekach i przychodniach:
Wykazano, iż po gwałtownym załamaniu cen maseczek na rynku (spowodowanym m.in. masowymi zakupami interwencyjnymi przez agencje rządowe) niesprzedane maseczki do dziś fizycznie zalegają w magazynach przychodni Specjalistycznego Centrum Medycznego S2 oraz aptek. Załączono dokumentację fotograficzną tych zapasów.
Dowody na realność prac w aptekach:
Przedstawiono zdjęcia z przeprowadzonego montażu komory hiperbarycznej, wymagającego demontażu i ponownego montażu okien, drzwi oraz barierek balkonowych, a także dokumentację zajęcia pasa drogowego pod dźwig.
Zaniechania organów:
Wykazano, iż urzędnicy zaniechali przesłuchania kluczowych pracowników odpowiedzialnych za zaopatrzenie w hospicjach i stowarzyszeniach, zadowalając się jedynie ogólnikowymi zeznaniami prezesów zarządu, którzy w szczycie pandemii nie zajmowali się osobistym odbiorem paczek z maseczkami.
Co niezwykle istotne, ten sam organ – Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach – w decyzji kasacyjnej z 20 października 2025 r. dotyczącej podatku VAT za ten sam okres 2020 r., uchylił decyzję pierwszoinstancyjną i nakazał przeprowadzenie postępowania dowodowego w znacznej części, przyznając, iż zebrany materiał w zakresie rzetelności transakcji maseczkowych posiada rażące braki! W sprawie PIT ten sam organ usiłował jednak utrzymać w mocy decyzję określającą stratę i dochód z innych źródeł.
WSA w Gliwicach: Prawo do obrony to nie fikcja
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w wyroku z 5 lutego 2026 r. uwzględnił skargę przedsiębiorcy i uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora IAS w Katowicach. Sąd oparł swoje rozstrzygnięcie na art. 145 § 1 pkt 1 lit. b ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (p.p.s.a.) w związku z art. 240 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, wskazując na naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego.
W motywach wyroku WSA podkreślił, że:
Izolacja a gwarancje procesowe:
Choć przepisy Ordynacji podatkowej nie tworzą odrębnych procedur dla osób pozbawionych wolności, to w realiach wielowątkowej sprawy dotyczącej specyficznego okresu pandemii COVID-19 tymczasowe aresztowanie w latach 2021–2025 faktycznie uniemożliwiło podatnikowi obronę jego praw i przedstawienie dowodów z e-maili i nośników danych.
Nowe okoliczności i dowody:
Pojawienie się po opuszczeniu aresztu odtworzonych dokumentów transportowych, zdjęć magazynowych oraz dokumentacji budowlanej stanowi przesłankę wznowieniową, którą sąd administracyjny musi uwzględnić z urzędu dla ochrony praworządności.
Niespójność działań organów:
Sąd wytknął organom skarbowym rażącą niekonsekwencję. Skoro w postępowaniu dotyczącym podatku VAT organ odwoławczy dostrzegł konieczność uzupełnienia materiału dowodowego w znacznej części (w tym przesłuchania pracowników aptek, hospicjów i zweryfikowania stanów magazynowych maseczek), to nie można było równolegle twierdzić w sprawie PIT, iż materiał dowodowy jest pełny i kompletny.
