Mikroflora jelitowa może być związana nie tylko z trawieniem. Coraz więcej badań dotyczy jej wpływu na mózg i psychikę. Naukowcy zauważają zależności między niektórymi bakteriami a objawami lęku, depresji i
schizofrenii. To jednak nie oznacza, iż wystarczy sięgnąć po probiotyk. Dowody są na razie zbyt słabe, by traktować go jako terapię.